Digital Geography

2. Juli 2012

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Arbeitsverzeichnis in R: ein praktischer Hinweis

Die meisten R Anwender nutzen einen Arbeitsordner für ihre Analysen, womit ein Standard-Pfad für Dateien eingerichtet werden kann. Ich war nur leider etwas genervt, diesen immer in Skripten oder in der Kommandozeile einzutippen:

setwd("/home/rikl/wd_r")

Wie kann man diesen Umstand also abändern? In R gibt es eine Datei um die Starteinstellungen zu customizen. Diese nennt sich „Rprofile.site“.


In einem Linux-System ist sie wie folgt zu ändern:

sudo gedit /etc/R/Rprofile.site

In einem Windows Betriebssystem muss man lediglich nach dieser Datei suchen und sie mit einem Editor der Wahl öffnen.
Diese Datei sieht wie folgt aus:

## Emacs please make this -*- R -*-
## empty Rprofile.site for R on Debian
##
## Copyright (C) 2008 Dirk Eddelbuettel and GPL'ed
##
## see help(Startup) for documentation on ~/.Rprofile and Rprofile.site

# ## Example of .Rprofile
# options(width=65, digits=5)
# options(show.signif.stars=FALSE)
# setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"),
# function(...) grDevices::ps.options(horizontal=FALSE))
# set.seed(1234)
.First <- function() cat("\n Welcome to R!\n\n")
.Last <- function() cat("\n Goodbye!\n\n")

# ## Example of Rprofile.site
# local({
# # add MASS to the default packages, set a CRAN mirror
# old <- getOption("defaultPackages"); r <- getOption("repos")
# r["CRAN"] <- "http://my.local.cran"
# options(defaultPackages = c(old, "MASS"), repos = r)
#})

Zwischen den Zeilen 14 und 15 kann man R-Anweisungen unterbringen, die beim Start ausgeführt werden sollen. Mit einem EIntrag wie folgt:

setwd("/home/rikl/wd_r")

wird das Arbeitsverzeichnis permanent gesetzt. Der Pfad für Windows-Systeme sieht natürlich anders aus. Zudem kann man automatisch Pakete aufrufen:

library("sp", "rgdal")

um den eigenen Arbeitsablauf etwas zu verbessern. Viel Spaß!